Compete elaborar e revisar, junto com os respectivos responsáveis pelos setores, o manual de controle interno de cada atividade do Município;|estabelecer os itens de fiscalização que cada setor deve exigir  no  fluxo  da realização das tarefas;fiscalizar o cumprimento do manual de controles internos; comunicar aos servidores as irregularidades verificadas para que estes apresentem justificativas; cientificar o Prefeito sobre as irregularidades encontradas periodicamente; informar ao Tribunal de Contas do Estado as irregularidades  cujas providências não foram  tomadas pelo administrador no  sentido de saná-las; guardar a documentação de seu trabalho em ordem e  à disposição da Corte de Contas quando em auditoria   ou   solicitação; determinar,  quando de inspeção ou auditoria sobre a gestão dos recursos públicos municipais sob a responsabilidade de órgãos e entidades públicos e  privados  que guardem,  gerenciem  ou  administrem recursos   ou bens municipais; regulamentar as atividades de controle  através de Instruções Normativas, inclusive quanto às denúncias encaminhadas pelos cidadãos, partidos políticos, organização, associação ou sindicato sobre irregularidades ou ilegalidades na Administração

O Controle Interno atua como o órgão central de fiscalização. Conforme as atualizações da Lei Municipal nº 1.511/2015 e alterações posteriores, a estrutura do Sistema de Controle Interno Municipal (CICM) engloba:

• Controladoria Geral (Unidade Central de Coordenação): Responsável por ditar as diretrizes e regras de conformidade para toda a prefeitura.
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• Unidades Setoriais de Controle Interno (USCI): Servidores designados e espalhados dentro das principais secretarias (como Saúde, Educação e Finanças) para garantir que os manuais específicos sejam cumpridos localmente.
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• Unidade de Auditoria: Setor responsável por exames minuciosos, pontuais ou totais de atos administrativos e fatos contábeis públicos.